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Les 5 meilleurs logiciels de comptabilité pour auto-entrepreneurs

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Par Joris Melin

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25 août 2022

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5 min.

Logiciel comptabilité auto-entrepreneur

Bien que les obligations comptables du micro-entrepreneur soient limitées, nombreux sont ceux qui préfèrent limiter les erreurs et gagner du temps grâce à un logiciel de comptabilité. Alors, pour vous aider à bien choisir votre outil comptable, voici une sélection de 5 logiciels de comptabilité pour les auto-entrepreneurs. 

Pourquoi utiliser un logiciel de comptabilité pour auto-entrepreneur ?

Même si, par définition la comptabilité en micro-entreprise est simplifiée, elle fait partie intégrante du rôle de gérant de l’auto-entrepreneur et utiliser l’outil comptable adapté présente 3 grands avantages : 

  • Le respect des obligations légales en micro-entreprise

Déclaration de chiffre d’affaires, tenue de registre etc… Il existe des obligations fiscales et sociales propres au statut d’auto-entrepreneur qu’il est incontournable de respecter. Avec un bon logiciel de comptabilité vous avez la sérénité d’esprit de ne pas omettre ces obligations, et notamment en matière de facture.

  • Le gain de temps

Généralement, on ne devient pas auto-entrepreneur pour le plaisir de faire de l’administratif ou de la comptabilité mais plutôt pour passer du temps au cœur de son activité. Un logiciel de comptabilité vous permettra de gagner du temps en comparaison d’une tenue de vos comptes sur Excel ou à la main, mais il vous assurera également un risque d’erreur limité. 

  • La protection des données de la micro-entreprise

Parce qu’ils se doivent de respecter des normes d’exigences en termes de protection et de confidentialité des données, les logiciels de comptabilité en ligne sont bien plus sécurisés qu’un simple stockage sur le disque dur de votre ordinateur.

Comment bien choisir son logiciel de comptabilité quand on est auto-entrepreneur ?

Nous avons fait cette sélection de 5 logiciels de comptabilité en fonction de critères qui correspondent aux spécificités du statut d’auto-entrepreneur. Il vous restera à apprécier celui qui correspond le plus à votre activité, votre situation et vos préférences. Mais pour vous aider dans ce choix, voici quelques critères à prendre en considération : 

  • Les fonctionnalités nécessaires à un auto-entrepreneur

Certaines fonctionnalités sont indispensables à l’auto-entrepreneur en termes de comptabilité. Il s’agira notamment du registre des recettes et des dépenses. Mais la synchronisation bancaire, la télédéclaration à l’URSSAF et la facturation sont également des fonctionnalités pleines d’avantages pour une micro-entreprise.

  • Les logiciels de comptabilité pour auto-entrepreneur

Il existe des logiciels spécialement dédiés aux micro-entreprises, comme Freebe ou TiimeAE, par exemple. Mais ils ont des fonctionnalités limitées au statut simplifié de l’auto-entreprise, il est donc important de bien identifier les fonctionnalités dont vous avez besoin avant de faire votre choix. Ces logiciels de comptabilité pour auto-entrepreneur ont l’avantage d’une prise en main facilitée et de s’adapter à la gestion d’une micro-entreprise en appliquant les changements de seuils de TVA, par exemple. 

Mais attention ! Si votre micro-entreprise est amenée à évoluer et donc à changer de statut, vous serez également obligés de changer de logiciel de comptabilité et donc de prendre le risque de perdre l’historique de votre gestion comptable. 

  • Les tarifs des logiciels de comptabilité

Si le tarif d’un logiciel de comptabilité pour auto-entrepreneur est un critère important, il est important d’en évaluer le coût mensuel ou annuel dans son ensemble. En effet, il est important de considérer le temps qu’il vous fait gagner, son degré de performance dans la gestion comptable de votre micro-entreprise, la sérénité qu’il vous apporte d’être en conformité avec les obligations légales etc…  

Quel est le meilleur logiciel de comptabilité gratuit ? 

Certes, la première recherche d’un auto-entrepreneur est généralement de savoir quel est le meilleur logiciel de comptabilité gratuit, mais il est nécessaire de bien prendre en compte leurs limites et notamment : 

  • Une automatisation bien moindre donc plus de temps à y consacrer, 

  • Moins complets donc l’utilisation d’autres outils en complément est généralement nécessaire.

Alors, entre gratuité et le prix que vous couterai un expert-comptable : faites le comparatif ! Cela peut vous aider à trouver le juste prix de votre logiciel de comptabilité

Car même si la comptabilité d’une micro-entreprise reste succincte et simplifiée au livre de recettes et des dépenses essentiellement, payer quelques euros mensuellement pour un logiciel est souvent facilement justifié lorsque les outils comptables sont complets, plus modernes et qu’ils incluent des mises à jour, par exemple.

Cependant, le budget pouvant être un critère incontournable pour de nombreux auto-entrepreneurs voici quelques logiciels de comptabilité 100% gratuits qui pourront convenir à la gestion comptable d’une micro-entreprise :

  • TiimeAE permet de regrouper sous un seul outil la facturation et la comptabilité avec une utilisation intuitive et simplifiée ; 

  • MyAE et ComptaAE ou MyAE sont aussi des logiciels de comptabilité gratuits dédiés au statut d’auto-entrepreneur ;

  • Odoo propose également une formule gratuite suffisante pour une micro-entreprise.

Meilleurs logiciels de comptabilité pour auto-entreprise : notre sélection

Le premier critère de notre sélection a été de nous diriger vers des logiciels de comptabilité SaaS, c’est-à-dire qu’ils s’utilisent directement en ligne. En effet, ils présentent généralement un rapport qualité/prix bien plus intéressant mais aussi l’avantage d’être itinérants et plus modernes que les logiciels à télécharger

Mais rappelez-vous que le meilleur logiciel de comptabilité pour votre auto-entreprise sera celui qui correspond à vos propres besoins !

  • Freebe : le logiciel de comptabilité des Freelances

Freebe est un logiciel de comptabilité dont les fonctionnalités ont été conçues pour répondre précisément aux besoins spécifiques des freelances en micro-entreprise. Vous y bénéficierez de : 

  • Un registre des dépenses et des recettes à édition automatique ;

  • Une synchronisation avec l’URSSAF pour l’automatisation des déclarations ;

  • Un module de facturation très complet. 

De plus, il dispose des deux éléments indispensables à tout bon logiciel de gestion, c’est-à-dire :

  • La synchronisation bancaire ;

  • Des tableaux de bord de suivi.  

Son seul point faible c’est qu’il ne conviendra pas à toutes les professions et autres statuts que celui de freelance en micro-entreprise

  • Quickbooks : un logiciel de comptabilité en ligne adopté par les auto-entrepreneurs

De nombreux auto-entrepreneurs de tous secteurs d’activité confondus utilisent déjà le logiciel de comptabilité en ligne Quickbooks. En plus d’être intuitif, moderne et performant, il présente bien d’autres avantages et notamment : 

  • Une gestion des notes de frais facilitée par la reconnaissance optique ;

  • L’indispensable synchronisation bancaire ;

  • Une application mobile disponible sur Android et iOS ;

  • Un module facturation très complet. 

Cependant, on regrette qu’il ne propose pas d’essai gratuit pour pouvoir être testé avant de s’engager, ce qui est plutôt rare sur le marché des logiciels de comptabilité en ligne. 

  • Indy : la gestion comptable des professions libérales

Indy est un logiciel de comptabilité spécialement conçu pour les professions libérales en micro-entreprise. Il plaît tout particulièrement aux auto-entrepreneurs pour son très bon niveau d’automatisation et sa grande simplicité d’utilisation. Il propose les fonctions essentielles d’un logiciel de comptabilité pour auto-entrepreneurs, c’est-à-dire : 

  • La synchronisation bancaire

  • L’automatisation

  • Les tableaux de bord

Mais ses performances ont un prix… En effet, c’est le logiciel de comptabilité le plus cher de notre sélection, mais le temps et la sérénité gagnés avec Indy méritent l’investissement. 

  • MaCompta.fr : le logiciel de comptabilité pour auto-entrepreneur le mon cher du marché

Macompta.fr propose, dans sa version destinée aux auto-entrepreneurs, un outil très complet et facile à prendre en main même pour les novices. D’ailleurs, si MaCompta.fr est régulièrement cité comme l’un des meilleurs logiciels de compta pour auto-entrepreneur c’est pour :

  • Son tarif parmi le moins cher du marché ;

  • La présence de toutes les fonctions indispensables à la bonne tenue d’une comptabilité ;

  • Sa simplicité de prise en main et d’utilisation.

Cependant, on peut regretter qu’il ne propose pas d’application mobile.  

  • Sinao : le logiciel de comptabilité qui s’adapte à votre statut

Logiciel de gestion complet, Sinao est un logiciel de gestion comptable très complet qui présente le grand avantage de s’adapter à votre statut juridique. Son interface web et mobile est donc personnalisable et présente toutes les fonctionnalités indispensables dont un outil de facturation particulièrement performant

A noter cependant que son adaptabilité à toutes les professions justifie certainement un tarif mensuel un peu plus élevé qu’Indy ou Freebe, par exemple.

  • NeedMe : Un nouveau logiciel de comptabilité plein de promesses

Dernier arrivé sur le marché des logiciels de comptabilité pour auto-entrepreneur, NeedMe présente toutes les fonctionnalités de base nécessaire aux micro-entreprises : 

  • Un registre des dépenses et des recettes, édité automatiquement ;

  • Une synchronisation avec l’URSSAF pour l’automatisation des déclarations ;

  • Un module de facturation.  

Avec un tarif parmi les plus bas du marché, il a également le mérite de s’adresser à tous types de professions. Mais à ce jour, il lui manque quand même la synchronisation bancaire qui permet de gagner un temps considérable dans la gestion quotidienne d’une micro-entreprise. 

Au-delà de cette sélection, d’autres logiciels de comptabilité bénéficient d’une bonne réputation auprès des auto-entrepreneurs. On peut notamment citer : 

  • mon-autoentreprise.fr ; 

  • gest4u ;  

  • JePilote ; 

  • NeedMe.

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Joris Melin

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Coach pour entrepreneur

Article mis à jour le 25 août 2022

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